Қалалық агломерацияларды қалыптастыру олардың логистикалық инфрақұрылымдарын қалыптастыру процесімен тығыз байланысты, олардың жұмыс істеу тиімділігі әлеуметтік және экономикалық проблемалар кешенінің пайда болуына әкеп соқтырады. Бұл проблемаларды шешу логистикалық инфрақұрылымды басқарудың сапалы теориялық және әдістемелік құралдарының жоқтығымен күрделене түседі. Логистика және жеткізу тізбектерін басқару бойынша зерттеу материалдары мен іргелі ғылыми еңбектер негізінде, сондай-ақ логистикалық инфрақұрылымды дамытудың теориясы мен әдіснамасы негізінде теориялық және әдіснамалық негіздер қарастырылады. Мақалада қалалық агломерацияның логистикалық инфрақұрылымын басқарудың теориялық негіздері ұсынылған, логистиканың ұғымдық аппаратына түзетулер енгізіледі, "интеграцияланған логистикалық инфрақұрылым" терминінің авторлық анықтамасы беріледі, сондай-ақ қалалық агломерацияның логистикалық инфрақұрылымын басқарудың иерархиялық тұжырымдамасы ұсынылады, оның негізінде ұйымдықфункционалдық модель әзірленді.