Формирование городских агломераций тесно связано с процессом формирования их логистической инфраструктуры, эффективность функционирования которых приведет к появлению комплекса социальных и экономических проблем. Решение этих проблем осложняется отсутствием качественных теоретических и методических средств управления логистической инфраструктурой. Рассматриваются теоретические и методологические основы на основе исследовательских материалов и фундаментальных научных трудов по логистике и управлению цепями поставок, а также на основе теории и методологии развития логистической инфраструктуры. В статье представлены теоретические основы управления логистической инфраструктурой городской агломерации, внесены поправки в понятийный аппарат логистики, дается авторское определение термина "интегрированная логистическая инфраструктура", а также представлена иерархическая концепция управления логистической инфраструктурой городской агломерации, на основе которой разработана организационнофункциональная модель.